在一次护送公司机密文件的途中,旭日重工的普通职员冈岛绿郎(浪川大辅 配音)遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架,机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露,旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容,于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。